O que está por trás do nosso COVID

A UC Davis está "passando no teste COVID com louvor", disse Stephanie Ruhle, da MSNBC, usando um jogo de palavras ao concluir uma entrevista recente com o professor Brad Pollock, reitor associado de ciências da saúde pública, sobre o programa de testes COVID-19 da universidade.

O programa de teste de saliva começou em 14 de setembro, quando os alunos começaram a se mudar para o alojamento do campus no trimestre de outono e, posteriormente, expandido para servir a comunidade por meio do Healthy Davis Together.

No início deste mês, o UC Davis Genome Center testou a 100.000ª amostra de saliva. Aqui, damos uma olhada no que está por trás do teste e como ele surgiu.

As máquinas de PCR quantitativo de alto rendimento IntelliQube, usando a tecnologia "array-tape", são fundamentais para o programa de teste. Em vez de tubos de amostra ou placas com poços, as máquinas analisam fitas impressas com milhares de pequenos poços, cada um dos quais pode realizar uma reação de PCR.

Originalmente desenvolvidas para uso em genética agrícola, as máquinas de fita array podem executar milhares de testes de PCR por dia, muito mais do que as máquinas construídas especificamente para diagnósticos médicos.

O professor de ciências vegetais Richard Michelmore, diretor do Centro de Genoma, e sua equipe desenvolveram o programa de testes e o propuseram ao campus. O financiamento chegou até 4 de agosto, pouco mais de um mês antes da chegada dos alunos. "Isso desencadeou uma tremenda mobilização em todo o campus", disse Michelmore.

Fazer o teste envolve a simples questão de cuspir em um tubo e os resultados geralmente são devolvidos dentro de um a dois dias. O teste é para pessoas que não apresentam sintomas de COVID-19: os alunos com sintomas devem ir aos Serviços de Saúde e Aconselhamento do Estudante, enquanto os outros devem ir aos seus prestadores de cuidados de saúde.

O teste requer agendamento - em um processo on-line que produz um código de barras individualizado, que, na sua chegada para o teste, corresponde a um código de barras em seu tubo de amostra. Tome um gole de água, pingue de volta no tubo, tampe e pronto.

Os tubos com código de barras não identificados são levados para o Centro de Genoma, onde as amostras são tratadas termicamente para inativar qualquer vírus. As partículas do vírus SARS-CoV2 sobrevivem bem na saliva, observou Michelmore.

As amostras são então tratadas com protease de papaína (também conhecida como amaciante de carne) para reduzir a viscosidade da saliva e transferidas para placas de plástico de 384 poços, depois transferidas automaticamente para fita adesiva. A reação leva cerca de uma hora e meia; cada IntelliQube pode executar cerca de 6.000 testes em um dia de 12 horas. Os resultados são analisados ​​com o software UgenTech FastFinder baseado em nuvem.

O teste de PCR é adaptado de protocolos aprovados pela Food and Drug Administration. O laboratório é aprovado pela CLIA como uma extensão do laboratório do Centro de Saúde Estudantil da UC Davis.

O teste pode detectar apenas 15 cópias do vírus em um microlitro de saliva, abaixo do limite do que provavelmente é um indivíduo infeccioso. Inicialmente, os testes de saliva foram comparados com swabs nasais coletados ao mesmo tempo e processados ​​em um laboratório comercial, mas isso foi interrompido uma vez que a precisão do teste de saliva foi confirmada.

Duas equipes técnicas separadas, lideradas pelo gerente do DNA Technology Core, Lutz Froenicke, trabalham para realizar os testes em dias diferentes com uma equipe reserva como backup.

Michelmore creditou um "esforço maciço em todo o campus" para colocar o programa de testes em funcionamento, incluindo Ralph Greene do Departamento de Patologia e Medicina Laboratorial da UC Davis, Cindy Schorzmann, diretora médica dos Serviços de Saúde e Aconselhamento Estudantil e Sheri Belafsky da UC Davis Medical Surveillance Program — e muitos, muitos outros que trabalharam para erguer e operar os quiosques de testes, adquirir máquinas e equipamentos, realizar testes e analisar e relatar resultados.

Embora Michelmore tenha recebido muitas consultas de outras universidades e empresas, ele observou que atualmente não planejam expandir os testes além da UC Davis, Davis, outros locais no condado de Yolo e UC Merced devido à capacidade limitada. No entanto, ele observou que nenhum dos protocolos e fluxos de trabalho é patenteado e pode ser replicado por outros.